VERTER, для FLAC удобный инструмент
FLACdrop
Для APE -
Monkey's Audio
Универсальный вариант
Easy CD-DA Extractor.
Замечу, что в любом варианте распаковывать нужно не файл cue, а сам образ.
Кстати Easy CD-DA Extractor может записать диск и без предварительной распаковки в wav используя свои встроенные кодеки . Ему нужен для работы лишь файл cue - все остальное сделает сам.
По моему самый простой вариант для начинающего.